Nature | 我院何爱彬团队利用全景单细胞组蛋白修饰实现胚胎发育谱系追踪
"太极生两仪，两仪生四象"，恰似胚胎发育细胞命运决定：从单一受精卵起始，经历二细胞期、四细胞期的有序分裂，最终形成谱系分明的生命蓝图。在这个精妙的生物学"太极分化"过程中，表观遗传重编程之手，精密控制合子基因组激活（ZGA）、全能性维持与失去、细胞命运异质化、第一次细胞命运决定和细胞谱系形成等进程。之前已有研究利用少量细胞ChIP-seq技术揭示了哺乳动物着床前胚胎细胞发生剧烈染色质状态-组蛋白修饰重编程1-6。...
Immunity |曾泽贤/潘登/高志冬团队开发肿瘤免疫靶点鉴定平台ICRAFT，解析A20抗肿瘤机制
近年来，免疫治疗（如PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂）在癌症治疗中取得了突破性进展，为许多患者带来了前所未有的生存获益【1-3】。然而，尽管部分患者在治疗初期表现出良好反应，但大量临床数据显示，并非所有患者都能从中受益，且部分患者在接受治疗后会产生耐药性【4】。更重要的是，许多肿瘤治疗策略往往只关注如何杀伤癌细胞，却忽略了其对免疫系统的影响，导致一些治疗在削弱肿瘤的同时，也损害了机体的抗癌免疫能力。此外...
王初课题组与刘聪课题组合作揭示多巴胺对Tau蛋白的保护性修饰
近日，北京大学成都前沿交叉生物技术研究院/北京大学化学与分子工程学院/北京大学前沿交叉学科研究院王初课题组与中国科学院上海有机化学研究所刘聪课题组合作，在Nature Chemical Biology杂志上发表了题为“Quantitative Chemoproteomics Reveals Dopamine’s Protective Modification of Tau”的研究文章。在这项工作中，作者发展了定量化学蛋白质组学策略对鼠脑中的多巴胺修饰位点进行了全局性的解析，并揭示了多巴胺修饰在...
Nature Communications | 我院胡家志实验室揭示线粒体DNA片段可广泛整合入核基因组
2024年11月1日，北京大学生命科学学院、北大-清华生命科学联合中心、北京大学成都前沿交叉生物技术研究院胡家志实验室及合作者在Nature Communications发表了标题为：Transfer of mitochondrial DNA into the nuclear genome during induced DNA breaks的研究论文。该项研究中作者采用实验室前期开发的用于系统分析基因编辑产物的高通量测序方法——PEM-seq1，发现在核基因组编辑过程中，线粒体DNA片段可能插入到靶向位点，与此...
【Chemical Science】我院王初实验室发展了一种高效的EVs蛋白质组学分析流程用于结直肠癌的早筛早诊
近日，北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命科学联合中心、北京大学成都前沿交叉生物技术研究院王初实验室与北医三院林坚课题组、北京大学首钢医院顾晋课题组在Chemical Science杂志上合作发表了题为“A simplified and efficient extracellular vesicle-based proteomics strategy for early diagnosis of colorectal cancer”的研究文章。在这项工作中，作者们建立并优化了一种高效的胞外囊泡（Extracellular vesicles...
【Angew】来鲁华/张长胜团队在全原子蛋白质序列设计中取得新进展
——背景——针对蛋白质结构骨架的序列设计是全新蛋白质设计中的关键问题之一。近年来，随着深度学习方法和技术的发展，全新蛋白质序列设计取得了重要进展。其中代表性的工作包括ProteinMPNN，ABACUS-R，ProDesign-LE等，都在序列设计中取得了重要进展，并进行了相应的实验验证。然而，这些代表性的方法均没有考虑蛋白质侧链的原子细节信息。一方面，蛋白质侧链构象对蛋白质执行功能具有重要作用。另一方面，大量的序列设计算法...
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