
北京大学教授北大-清华生命科学联合中心研究员国家杰出青年基金获得者长江特聘教授国家重点研发计划首席科学家国务院特殊津贴获得者
实验室以推动我国原创药物领域的发展为核心使命,专注于开发具有前瞻性的、智能化的药物设计方法与软件和高通量生物分子智造平台,构建具有自主知识产权的创新技术体系,并针对重大疾病相关靶标进行药物研发,为未被满足的临床需求提供安全、有效的新型候选药物。

基于物理模型与人工智能的药物设计
团队基于二十余项自主研发的原创药物设计方法,打造了系统性、一站式的计算解决方案,为全球用户提供高质量药物研发服务。为加速成果转化,团队在研究院的支持下孵化了智钥分子生物科技(成都)有限公司,专注于进行计算赋能的困难靶标药物研发,正在推进代谢和肿瘤相关管线,同时开展合作研发与技术服务。

困难靶标药物研发
困难靶标是指在当前技术条件下难以进行药物发现的靶标,是药物研发的下一片蓝海。团队围绕困难靶标药物研发的关键科学问题和技术瓶颈,发展了无序蛋白药物设计、别构调控药物设计和蛋白互作药物设计方法,打造了国际领先的困难靶标研发体系,解决可药靶标枯竭带来的难题,推动原创药物研发进程。

论文标题 | 发表期刊 | 科研团队 |
DiffBindFR: an SE(3) equivariant network for flexible protein –ligand docking | Chemical Science | 来鲁华实验室 |
All-Atom Protein Sequence Design Based on Geometric Deep Learning | Angewandte Chemie | 来鲁华实验室 |
MMFuncPhos: A multi-modal learning framework for identifying functional phosphorylation sites and their regulatory types | Advanced Science | 来鲁华实验室 |
Accelerating discovery of bioactive ligands with pharmacophore-informed generative models | Nature Communications | 来鲁华实验室 |
Computer-aided drug discovery for undruggable targets | Chemical Reviews | 来鲁华实验室 |
Sequence and structure-based prediction of allosteric sites | Journal of Molecular Biology | 来鲁华实验室 |
Reinforcement learning-based target-specific de novo design of cyclic peptide binders | Journal of Medicinal Chemistry | 来鲁华实验室 |
Targeting SARS-CoV-2 receptor binding domain and main protease with D-Peptides | Journal of Chemical Information and Modeling | 来鲁华实验室 |
Benchmarking cofolding methods for molecular glue ternary structure prediction | Journal of Chemical Information and Modeling | 来鲁华实验室 |
GeoEvoBuilder: A deep learning framework for efficient functional and thermostable protein design | Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | 来鲁华实验室 |
Identification of gut microbial bile acid metabolic enzymes via an AI-assisted pipeline | Cell | 来鲁华实验室 |
Modeling protein-ligand interactions for drug discovery in the era of deep learning | Chemical Society Reviews | 来鲁华实验室 |
MGTbind: a comprehensive database of molecular glue ternary interactome | Nucleic Acids Research | 来鲁华实验室 |
Protein IDR linkers regulate overall protein conformation and phase separation | Cell Reports Physical Science | 来鲁华实验室 |
Benchmarking co-folding methods to predict the structures of covalent protein-ligand complexes | Acta Pharmacologica Sinica(中国科技期刊卓越行动计划-重点期刊) | 来鲁华实验室 |
1. 专利:一种Myc蛋白抑制剂及其制备方法和用途
2. 专利:p53激动剂及其制备方法和用途
3. 专利:多肽或其修饰物及其在制备防治肿瘤的药物中的应用
4. 专利:一种喹喔啉并含N杂环类化合物及其作为靶向Myc蛋白的抑制剂的应用
5. 软著:基于微服务架构的药物设计平台通用基础框架软件
邮箱:liudan@aaib.pku.edu.cn (刘老师)

